Kira est un Coordinator, un être humain dont les gènes ont été modifiés à l'état embryonnaire, ce qui fait de lui une personne aux capacités physiques et intellectuelles supérieures par rapport aux êtres humains 'non modifiés', dit les Naturels.

Lacus Clyne est une coordinatrice que l'on verra pour la première fois sortant d'une capsule de sauvetage recueillie par Kira. Elle se révèle être la fiancée d'Assuran Zala. Elle sera prise en otage par le sous-lieutenant Batgiruel. Elle sera ramenée sur le vaisseau d'Assuran grâce à Kira.

Cagalli est une jeune fille au très fort caractère, à laquelle Kira sauva la vie lors de la destruction d'Héliopolis. Elle y était venue pour vérifier si des armes destinées à l'Alliance terrestre y étaient bien secrètement créées.

Ancien ami d'enfance de Kira, il est désormais soldat chez ZAFT. Athrun semble être aveuglé par les idéaux qu'offre ZAFT. Il est aussi perdu dans ses sentiments, car dans son combat contre les Naturels il doit combattre son meilleur ami Kira...

Miriallia est une des étudiantes d'Héliopolis qui se trouve sur l'Archangel. Elle est la petite amie de Tolle et se chargera des communications entre Kira dans son Gundam (quand celui-ci est de sortie) et l'Archangel.

Flay est étudiante d'Héliopolis, la colonie spatiale, avec Kira, Kuzzez, Miriallia, Tolle et Sai. Flay a été recueillie sur le vaisseau militaire top secret 'Archangel' après la destruction d'Héliopolis. Elle y retrouve Kira et les autres, embarqués 'de force' pour avoir vu le projet ultra-secret Gundam.

Mu La Flaga est un des meilleurs pilotes de l'Alliance Terrestre. Il est d'ailleurs le seul capable de maîtriser au maximum de ses capacités le Mobius Zero.Lors de l'attaque d'Héliopolis, il se retrouvera à bord de l'Archangel après un duel contre Raww Le Klueze.Par la suite, Mwu aidera à protéger l'Archangel.

Devenue commandant de l'Archangel dont l'équipage a été presque totalement décimé lors de l'attaque d'Héliopolis, Murrue Ramius est une femme de caractère, ancienne pilote de Gundam(ce qui explique qu'elle fut rattaché au projet d'Héliopolis).

Le plus haineux des pilotes de ZAFT. Yzak est quelqu'un de déterminé, voire fanatique. Amateur de combats en duel, le Gundam qu'il a volé lui convient à la perfection (d'où son nom "duel").

Coordinateur de ZAFT, Dearka Elsman est aussi le pilote du Buster, un des prototypes volés. Il combat aux côtés de Yzak et comprend et partage les mêmes points de vus que celui-ci.

Homme masqué, Klueze est un des meilleurs éléments de ZAFT.
Haut gradé dans l'Armée, il est le bras droit de Patrick Zala (Père de Athrum Zala). Bien qu'il semble plutôt servir ses intérêts personnels et agir indépendamment...

Orga Sabnak est sûrement le plus fou du trio "infernal". Il est passionné par la lecture. Lui aussi fervent adepte de la drogue, il ne craint rien au cours des combats et réagit comme une machine de guerre. C'est le pilote du X-131.

Shani Andras fait partie du projet 'EXTENDED'. Pendant son entraînement dans le laboratoire de Lodonia, il apprend à manipuler la toute première série de MS de l'Alliance nommé GAT-X. On remarque aussitôt qu'il se spécialise dans le combat rapproché.

Crot Buer fut créé dans les laboratoires du Blue Cosmos, c'est un Naturels qui peut obtenir les pouvoirs d'un Coordinateur lorsqu'il absorbe certaines drogues. Il est conditionné pour exterminer les Coordinateurs, c'est son seul but dans la vie.

Persos Secondaires de l'Histoire.

Les Couples ou Pseudo-Couples de l'Histoire.